Merdeka sejak hati mengisahkan tentang Lafran Pane, yatim piatu dari kaki Gunung Sibualbali yang hanya ingin menemukan kemerdekaan dan cinta yang hilang. Lafran Pane adik dari Sanusi Pane dan Armijn Pane yang mendirikan HMI (Himpunan Mahasiswa Islam). Baginya merdeka itu berani jujur dan sederhana di tengah riuh rendah dunia. Baginya merdeka itu sejak hati, Islam itu sejak nurani.